ЭНКС‑2 обеспечивает отсчет точного времени на встроенных часах с синхронизацией от сигналов навигационных спутниковых систем. ЭНКС-2 использует стандартные протоколы обмена NMEA 0183, SNTP для синхронизации серверов, рабочих станций и других устройств. Для синхронизации времени в системах телемеханики ЭНКС‑2 поддерживает команду C_CS_NA_1 (103) протокола обмена МЭК 60870‑5‑101; в ЭНИП-2 с поддержкой векторных измерений ЭНКС-2 обеспечивает синхронизацию времени по протоколу IRIG.